2026年，国家医保局将深化医保基金结算管理机制改革，在全面推行医保基金即时结算的基础上，进一步推进清算提速，缩短清算周期，切实减轻医疗机构垫资压力。
三年行动计划分步推进，清算周期大幅压缩
12月15日，国家医保局发布《国家医疗保障局办公室关于印发医保基金清算提质增效三年行动计划的通知》（以下简称《通知》），明确自2028年起，实现每年3月底前完成上年度清算，清算资金占年度医保基金拨付的3%左右，并鼓励探索“季度清算”等创新模式。同时，支持有条件地区将大病保险资金和医疗救助基金纳入清算提速范围，逐步缩短异地就医费用清算周期。
《通知》强调，要严格履行定点服务协议，及时足额向定点医药机构拨付协议约定的医保资金，杜绝拖欠医药费用行为。
破解行业痛点，促进“三医”协同发展
年度清算周期长一直是制约医保基金清算效率的瓶颈，医疗机构现金流压力大，进而影响药品生产企业回款，形成行业连锁反应。推进医保基金清算提速，将有效促进医疗、医保、医药“三医”协同治理与发展。
根据三年行动计划，改革将分三个阶段推进：
起步阶段（2026年）：所有统筹地区于2026年5月底前完成2025年度清算，试点地区于2026年3月底前完成。清算资金占基金拨付比例提升至5%左右。省级医保部门需制定实施方案，明确时间表与路线图。
提速阶段（2027年）：所有统筹地区于2027年4月底前完成2026年度清算，试点地区于2027年3月底前完成。清算资金比例调整为3%-5%，并依托医保信息平台完成清算。省级部门需总结试点经验，规范全省流程。
全面实施阶段（2028年）：所有统筹地区于2028年3月底前完成2027年度清算，清算资金比例控制在3%左右。
季度清算机制显成效，试点地区经验推广
《通知》提出，将探索按季度清算机制，通过明确季度预算额度、清算点值计算等核心环节，加快医院资金回笼。江苏省宿迁市自2024年7月试点该机制以来，医保基金清算效率显著提升，医疗机构垫付压力明显减轻，基金使用质效提高。
针对按病种付费清算难点，《通知》要求省级医保部门指导统筹地区分解任务至日常，加强沟通协商与争议处理，用好特例单议、数据工作组等机制，提升医疗机构参与度，促进医保与医疗数据共享。
即时结算全面铺开，医疗机构获得感增强
提升结算清算效率是国家医保局2025年重点工作之一。通过启动医保基金即时结算，截至年末，全国所有统筹地区均已开展即时结算，月度拨付时限压缩至申报后20个工作日内，部分地区实现次日结算，年度清算周期大幅缩短，医疗机构垫资压力有效缓解。
13日召开的全国医疗保障工作会议进一步要求，加大医保基金预付力度，全面推进即时结算，探索按季度清算。根据目标，2026年底前，即时结算资金需占本地医保基金月结算资金的80%以上，覆盖职工医保（含生育保险）和城乡居民医保基金，并鼓励将大病保险资金、医疗救助基金等纳入范围。同时，2026年底前开通即时结算的定点医疗机构占比需达80%以上，并逐步将符合条件的定点零售药店纳入即时结算范围。
